Fakultas Kedokteran Muhammadiyah memiliki misi yang jelas, yaitu berperan sebagai perguruan kedokteran terkemuka di Indonesia ini. Demi mencapai sasaran tersebut, berbagai upaya konsisten dijalankan, seperti peningkatan standar pengajaran, penelitian terdepan, dan pengabdian bagi warga luas. Selain itu, Fakultas juga mengutamakan peningkatan etik